Nó phù hợp với nguyên tắc pháp chế xã hội chủ nghĩa – một nguyên tắc cơ bản của quản lý hành chính nhà nước, hoạt động thanh tra đòi hỏi tuân thủ nguyên tắc tuân theo pháp luật. Nguyên tăc này đặt ra hai yêu cầu sau:
- Mọi công việc cần tiến hành trong hoạt động thanh tra phải được thực hiện trên cơ sở những quy định của pháp luật hiện hành về thanh tra
- Không một cơ quan, tổ chức, cá nhân nào được can thiệp trái pháp luật về hoạt động thanh tra. Khi có đầy đủ những căn cứ do pháp luật quy định, cơ quan thanh tra được quyền tiến hành hoạt động thanh tra một cách độc lập và chỉ tuân theo pháp luật. Việc can thiệp không có căn cứ pháp luật của bất kỳ cá nhân nào đều là bất hợp pháp và tùy theo mức độ nặng, nhẹ sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật.
Trong quá trình thanh tra, kiểm tra phải tuân thủ đúng những quy định pháp luật, bảo đảm tính độc lập, nghiêm túc khi thực hiện những thủ tục cần thiết và trong phạm vi thẩm quyền cho phép. Cơ quan thanh tra nằm trong tổ chức của bộ máy hành chính nhà nước, do vậy, trong tổ chức và hoạt động của mình, cơ quan thanh tra cũng chịu sự điều chỉnh của phương pháp mệnh lệnh quyền uy. Nói cách khác, trong tổ chức và hoạt động của mình ở một khía cạnh nào đó, cơ quan thanh tra phải phục tùng mệnh lệnh cấp trên. Mặc dù nguyên tắc hoạt động thanh tra “… chỉ tuân theo pháp luật” (Pháp lệnh Thanh tra năm 1990); “… phải tuân theo pháp luật” (Luật Thanh tra 2004); và “…tuân theo pháp luật” (Luật Thanh tra năm 2010) luôn được tôn trọng và áp dụng, nhưng trong quá trình hoạt động không tránh khỏi có những lúc, những nơi hoạt động thanh tra bị tác động bởi những cá nhân, cơ quan nhà nước có thẩm quyền làm ảnh hưởng đến tính trung thực, khách quan của hoạt động thanh tra.
Nguyên tắc hoạt động thanh tra phải tuân theo pháp luật là những định hướng cơ bản, xuyên suốt quá trình tiến hành hoạt động thanh tra, từ khi ra quyết định thanh tra, thực hiện thanh tra và kết thúc hoạt động thanh tra. Nguyên tắc này được phản ánh vào các quy định cụ thể về trình tự, thủ tục tiến hành hoạt động thanh tra, về thẩm quyền, nghĩa vụ của các chủ thể trong hoạt động thanh tra: trưởng đoàn, thanh tra viên, đối tượng thanh tra,…
Trong quá trình thực hiện hoạt động thanh tra, nguyên tắc hoạt động thanh tra phải tuân theo pháp luật và cá nguyên tắc khác đóng vai trò chi phối toàn bộ các hoạt động và đảm bảo cho kết quả hoạt động thanh tra phản ánh đúng đắn, khách quan thực tế vụ việc. Các nguyên tắc tạo khuôn khổ, sự chuẩn mực cho các thành viên đoàn thanh tra thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ của mình, đảm bảo không được lạm dụng quyền hạn, chi phối đối tượng thanh tra để có thể làm sai lệch kết quả hoạt động thanh tra nhằm mưu lợi cá nhân. Nguyên tắc tuân theo pháp luật sẽ theo suốt quá trình thực hiện hoạt động thanh tra, từ khi xây dựng kế hoạch, khảo sát, ra quyết định thanh tra, tiến hành thanh tra và kết thúc thanh tra. Tất cả các giai đoạn này, các chủ thể tiến hành hoạt động thanh tra đều phải tuân thủ các quy định của pháp luật về thanh tra và các quy định pháp luật khác có liên quan, từ việc thực hiện các quy định về nội dung lẫn các quy định về trình tự, thủ tục tiến hành các hoạt động thanh tra. Cụ thể:
- Trong giai đoạn chuẩn bị thanh tra : Nguyên tắc tuân theo pháp luật là nguyên tắc chung được thể hiện ở trong tất cả các giai đoạn của hoạt động thanh tra. Mục đích của nguyên tắc này là nhằm đảm bảo tính pháp chế xuyên suốt trong hoạt động thanh tra.
- Trong giai đoạn tiến hành thanh tra: Việc thực hiện nguyên tắc này trong giai đoạn tiến hành thanh tra được phân tích ở các khía cạnh sau: tuân thủ về trình tự, thủ tục; tuân thủ về thời hạn thanh tra; tuân thủ việc sử dụng đúng quyền trong hoạt động thanh tra;
- Trong giai đoạn kết thúc thanh tra: Trong giai đoạn này nguyên tắc phải tuân theo pháp luật được thể hiện trong việc tuân thủ đúng thời hạn ghi trong quyết định thanh tra; tuân thủ thời hạn báo cáo kết quả thanh tra; tuân thủ về thời hạn ra kết luận thanh tra. Ngoài ra, khi kết thúc thanh tra, Đoàn thanh tra phải thông báo với đối tượng thanh tra về việc kết thúc thanh tra tại nơi tiến hành thanh tra. Tuy nhiên trên thực tế việc tuân thủ pháp luật về thời hạn thanh tra thường không được các cơ quan thanh tra tuân thủ, vì trên thực tế từ ngày nhận được báo cáo kết quả thanh tra, người ra quyết định thanh tra phải làm việc với Đoàn thanh tra, nghe đối tượng thanh tra giải trình, ý kiến của các cơ quan, tổ chức có liên quan, ý kiến chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước… nên việc tuân thủ pháp luật về thời hạn này thường không được đáp ứng.